.10 Авторские задания

Грамматические основы 

Союзы
Придаточные части выделены разными цветами

Теперь в штабе были уверены (,) что экипажу станции ничего не угрожает (,) потому что (,) хотя с перезагрузкой управлявшей кораблём автоматической системы пришлось повозиться (,) командир уже предпринял все необходимые действия (5) и (6) запустил секретный протокол защиты.

В предложении четыре грамматические основы: «были уверены»; «ничего не угрожает»; «пришлось повозиться»; «командир предпринял, запустил».

Запятые в цифрах 1 и 2 выделяют придаточную часть с «ЧТО»: были уверены (в чём именно?), что экипажу станции ничего не угрожает.

Запятая в цифре 2 также выделяет придаточную часть с «ПОТОМУ ЧТО»: были уверены, что экипажу станции ничего не угрожает (почему? по какой причине?), потому что командир уже предпринял все необходимые действия и запустил секретный протокол защиты.

Запятые в цифрах 3 и 4 выделяют придаточную часть с «ХОТЯ» (стоит внутри главной части): командир уже предпринял все необходимые действия и запустил секретный протокол защиты (несмотря на что? вопреки чему?), хотя с перезагрузкой управлявшей кораблём автоматической системы пришлось повозиться.

Запятые в цифрах 5 и 6 не нужны, потому что союз «И» соединяет однородные сказуемые «предпринял» и «запустил», а не части сложного предложения.