.11 Авторские задания от Школково

Грамматические основы 

Союзы 

Придаточные части выделены разными цветами

Когда они подлетели к космической станции (1) и компьютер начал искать исправный шлюз (,) капитан увидел другой корабль (,) которого почему-то никто до этого не замечал (,) и велел отложить стыковку.

В предложении четыре грамматические основы: «они подлетели»; «компьютер начал искать»; «капитан увидел, велел отложить»; «никто не замечал». 

Запятая в цифре 2 выделяет однородные придаточные части, присоединённые к главной при помощи «КОГДА»: увидел другой корабль (когда? в какой момент?), когда они подлетели к космической станции и (когда? в какой момент?) [когда] компьютер начал искать исправный шлюз.

Поскольку упомянутые придаточные части являются однородными (отвечают на один вопрос, относятся к одной главной части) и соединены сочинительным союзом «И», запятой они не разделяются. Следовательно, на месте цифры 1 знак не требуется.

Запятые в цифрах 3 и 4 выделяют придаточную часть с «КОТОРОГО»: корабль (какой?), которого почему-то никто до этого не замечал.